Komise rady již nadále nebudou kontrolními orgány jako dosud, leč pouze iniciativními a poradními orgány rady. Výkonem přenesené působnosti je bude moci primátor pověřit jedině tehdy, nestanoví-li zastupitelstvo jinak, a současně bude-li mít předseda komise vykonánu zkoušku zvláštní odborné způsobilosti pro danou přenesenou působnost. Jako poradní a iniciativní orgány si bude i nadále moci rada zřizovat takové komise, které uzná za potřebné pro svou práci. Požadavky na složení komisí zákon nestanoví, pouze je stanoveno, že komise hlasuje většinou všech svých členů. Rada je povinna zabývat se návrhy, připomínkami a podněty, předloženými jí komisemi. Členové zastupitelstva budou nadále mít zákonné právo vznášet na komise rady dotazy, připomínky a podněty. Po účinnosti nového zákona bude tedy nutno novelisovat jednací řády komisí - vypustit z nich ustanovení o kontrolní funkci a kontrolní činnosti.

Výbory jako své iniciativní a kontrolní orgány bude zřizovat zastupitelstvo. Povinně bude zastupitelstvem zřizován výbor kontrolní a výbor finanční. Zákon nabízí též možnost zřízení osadního výboru, jehož postavení zvlášť upravuje. Jinak si samozřejmě bude moci zastupitelstvo zřídit jakékoli jiné výbory podle své potřeby. Předsedou výborů vyjma výboru osadního může být jen člen zastupitelstva. Počet členů výboru musí být lichý (u komise nikoli) a hlasuje se nadpoloviční většinou všech členů. Úkoly výboru ukládá zastupitelstvo a zastupitelstvu je též výbor ze své činnosti odpovědný a předkládá mu svá stanoviska a návrhy (nikoli radě), výbor má výslovné zákonné právo předkládat zastupitelstvu návrhy. Členové zastupitelstva mají vůči výborům interpelační právo. Rada není povinna se návrhy výborů jí předloženými zabývat. Na výbory nemůže být přenesen výkon státní správy (na rozdíl od komisí).

Finanční a kontrolní výbory musí být zřízeny na prvním zasedání zastupitelstva poté, co zákon nabude účinnosti. Dosavadní komise kontrolní a komise finanční být rušeny nemusí, ze zákona však pozbývají své kontrolní funkce, takže zejména další existence komise kontrolní je zcela zbytečnou. Prostá transformace dosavadní komise finanční na finanční výbor se zdá vzhledem k jeho složení nemožnou (zejména nutno ustanovit předsedou výboru některého člena zastupitelstva), u dosavadní komise kontrolní by to možné asi též nebylo (chybí v ní právníci).

Nelze vyloučit ani zájem zastupitelstva zřídit více výborů než zákonné minimum. V úvahu připadá eventuelně i transformace komisí majetkové a pro zadávání veřejných zakázek na výbory (zejména u komise pro zadávání veřejných zakázek se to zdá být vzhledem k její převážně kontrolní funkci nezbytné, když napříště komise o kontrolní funkci přicházejí).

Zákon stanoví též minimální působnosti finančního výboru a kontrolního výboru, přičemž zastupitelstvo jim může svěřit i činnosti jiné vyjma činností vyhrazených radě, primátoru, tajemníkovi a vyjma přenesené působnosti, nezasáhne-li tím do vyhrazené působnosti rady určovat dělbu práce v magistrátu.

Výbor finanční provádí nejméně kontrolu hospodaření s majetkem a kontrolu hospodaření s finančními prostředky obce. Výbor kontrolní provádí nejméně kontrolu plnění usnesení zastupitelstva obce, kontrolu plnění usnesení rady obce (což je dosti podivné) a kontrolu dodržování právních předpisů ostatními výbory a obecním úřadem na úseku samostatné působnosti. Oba výbory musí o každé kontrolní akci sepisovat zápis obsahující předmět kontroly, zjištěné nedostatky, návrhy nápravných opatření a vyjádření kontrolovaných orgánů a pracovníků, zápis se předkládá zastupitelstvu. Protože zákonnou kompetencí kontrolního výboru je tedy kontrola dodržování právních předpisů, je nezbytné, aby mezi jeho členy byly též osoby s právnických vzděláním (v dosavadní kontrolní komisi nejsou) - právní odbor má za to, že je nanejvýš žádoucí, aby právně vzdělaní zastupitelé byli zastupitelstvem zvoleni za členy tohoto výboru a aby výbor byl doplněn též o právně vzdělané členy zastupitelstev městských obvodů. Členy těchto dvou výborů nesmí být primátor, náměstek primátora, tajemník a osoby zabezpečující rozpočtové a účetní práce na magistrátu (tutéž inkompatibilitu je nutno vztáhnou per argumentum a maiori ad minus rovněž na obdobné funkcionáře a pracovníky městských obvodů).

Ostatní výbory jsou výbory sui generis a jejich zřizování by dle názoru právního odboru mělo být ponecháno výlučně městským obvodům.

Ukáže-li se podle výsledků sčítání obyvatel, že 15 a více procent obyvatel Plzně se hlásí k jiné národnosti než české (tedy např. i k národnosti moravské či slezské - jazyková otázka zde nehraje roli), bude muset zastupitelstvo zřídit též výbor pro národnostní menšiny.

Právní odbor má za to, že k těmto otázkám by již nyní měla být zahájena diskuse na politické úrovni.