Určujícími aspekty při sestavování nové koncepce správního soudnictví je důsledné dodržení
(1) Listiny základních práv a svobod, jež zaručuje každému, kdo tvrdí, že byl na svých právech zkrácen rozhodnutím orgánu veřejné správy, právo obrátit se na soud, aby přezkoumal zákonnost takového rozhodnutí a
(2) Úmluvy o ochraně lidských práv a základních svobod (dále jen Úmluva), ke které Česká republika přistoupila v rámci svého členství v Radě Evropy. Základním článkem v tomto smyslu je čl. 6 odst. 1 Úmluvy, podle kterého "každý má právo na to, aby jeho záležitost byla spravedlivě, veřejně a v přiměřené lhůtě projednána nezávislým a nestranným tribunálem, zřízeným zákonem, který rozhodne o jeho občanských právech nebo závazcích nebo o  oprávněnosti jakéhokoli trestního obvinění proti němu." Na toto ustanovení je nutné pohlížet s vědomím existující judikatury Evropského soudu pro lidská práva, která je pro Českou republiku závazná ve smyslu platného znění čl. 46 Úmluvy.

Vedle volby organizační struktury správního soudnictví (viz. níže) je důležité určit jeho rozsah působnosti, které by bylo v souladu s již citovaným čl. 6 odst. 1 Úmluvy. Správní soudy by tak měly mít možnost:
(1) přezkoumávat rozhodnutí správních orgánů v plné jurisdikci - a to tehdy, jestliže by šlo o věc spadající pod režim čl. 6 odst. 1 Úmluvy; jestliže by nešlo o věc spadající pod režim tohoto článku, soud by přezkoumával pouze zákonnost takového rozhodnutí,
(2) rozhodovat o povinnostech správního orgánu vydat rozhodnutí, např. z důvodu neodůvodněných průtahů řízení, v jejichž důsledku není věc vyřízena v zákonem stanovené lhůtě,
(3) rozhodovat o zákonnosti individuálních aktů správních orgánů, které nejsou rozhodnutím (především jde o akty mající povahu potvrzení již existujících práv a povinností,
(4) rozhodovat o zákonnosti zásahu správních orgánů (jde např. o faktické zásahy policejních orgánů),
(5) rozhodovat o zákonnosti opatření správních orgánů obecné povahy (tj. opatření zejména orgánů místní správy a samosprávy, která se dotýkají práva a povinností více jmenovitě neurčených osob v konkrétní věci),
(6) rozhodovat spory z veřejnoprávních smluv
(7) rozhodovat o návrzích a stížnostech ve věcech voleb a
(8) rozhodovat o návrzích na zrušení politické strany nebo politického hnutí a na pozastavení nebo znovuobnovení jejich činnosti.

Volba jedné ze tří dnes diskutovaných variant organizace správního soudnictví rozhodne o tom, bude-li Nejvyšší správní soud zřízen nebo nikoli.

Podle první varianty by bylo správní soudnictví vykonáváno v působnosti obecných soudů v čele s Nejvyšším soudem. Řízení by bylo jednoinstanční (s výjimkou u věcí důchodového zabezpečení a důchodového pojištění) a bylo by možno podat jen mimořádný opravný prostředek v podobě kasační stížnosti k Nejvyššímu soudu (kasační stížnosti by bylo možné užít pouze z důvodů porušení zákonnosti). Základním článkem by se staly krajské soudy, Nejvyšší soud by ve správním soudnictví rozhodoval o kasačních stížnostech a ve věcech volebních v případě voleb do Poslanecké sněmovny a Senátu Parlamentu a ve věcech zrušení politické strany nebo hnutí, pozastavení a znovuobnovení její činnosti. Na Nejvyšší soud by byla dále přenesena příslušnost rozhodovat spory o pravomoc mezi soudy a orgány státní správy. Tato varianta by předpokládala vypuštění ustanovení týkající se Nejvyššího správního soudu z Ústavy. Samotným procesním předpisem by se  upravilo řízení před soudy ve správním soudnictví.

Varianta druhá taktéž počítá s obecnými soudy jako základní jednotkou správního soudnictví, avšak vrchol by byl tvořen Nejvyšším správním soudem. Ten by byl příslušný k  rozhodování o kasačních stížnostech a dále (obdobně jako Nejvyšší soud v první variantě) ve volebních věcech v případě voleb do Poslanecké sněmovny a Senátu Parlamentu a o zrušení politické strany nebo hnutí, pozastavení a obnovení její činnosti. Zatím zůstává otázkou, zda na Nejvyšší správní soud přenést působnost rozhodovat spory o pravomoc mezi soudy a orgány státní správy (ve variantě prvé se tato pravomoc přenáší na Nejvyšší soud) nebo zda zřídit zvláštní senát složený ze soudců Nejvyššího soudu a Nejvyššího správního soudu. Další otázka vyvstává, zda na Nejvyšší správní soud přenést působnost Ústavního soudu rozhodovat ve věcech rušení právních předpisů pro rozpor se zákonem. Tato myšlenka naráží na ne zcela zcestnou argumentaci, že provedení takového přesunu může vést ke  kompetenčním sporům mezi Ústavním soudem a Nejvyšším správním soudem a k rozdílné judikatuře, neboť stejný právní předpis bude posuzovat Ústavní soud z hlediska ústavnosti a Nejvyšší správní soud z hlediska zákonnosti.

Takto nastíněnou druhou variantu lze realizovat bez změny Ústavy (je však možné uvažovat o tom, že by se v Ústavě upravilo jmenování předsedy a místopředsedů Nejvyššího správního soudu prezidentem republiky a  zda, souvislosti s úvahou o případném sporu Ústavního soudu a Nejvyššího správního soudu, nevypustit ustanovení čl. 87 odst. 2 písm. a Ústavy). Zákonem by byl zřízen Nejvyšší správní soud, stanoveno sídlo, složení a upraven systém správy. Samostatným procesním předpisem by bylo upraveno řízení před soudy a řízení před Nejvyšším správním soudem.

Varianta třetí předpokládá zřízení soustavy správních soudů v čele s Nejvyšším správním soudem. Správní soudy by byly příslušné v obdobných věcech jako obecné soudy v předchozích variantách. I před správními soudy se předpokládá jednoinstanční řízení, proti jejich rozhodnutí by bylo možno podat kasační stížnost k Nejvyššímu soudu. Základním článkem by byly správní soudy vytvořené na úrovni kraje. Správní soudy a Nejvyšší správní soud by rozhodovaly v senátech, ve vymezených případech by rozhodovali samosoudci. Vytvoření samostatné organizace správních soudů by mělo mít ústavní oporu, kterou by bylo možno založit novelou Ústavy. Další ústavní změny týkající se Nejvyššího správního soudu, jsou shodné s druhou variantou. Vedle zákona o Nejvyšším správním soudu by bylo třeba zákonem upravit existenci správních soudů a řízení před nimi (včetně řízení před Nejvyšším správním soudem).

Každá z uvedených koncepcí má své výhody i nevýhody. Výhodou koncepcí počítajících s  obecnými soudy je jistě menší finanční náročnost pro realizaci a poměrně malé legislativní zásahy do platného práva. Nevýhodou se naopak zdá nedostatečná připravenost obecných soudů na výkon správního soudnictví v plné jurisdikci, což ve svých důsledcích může vést k  zahlcení obecných soudů správními věcmi. Zřízení Nejvyššího správního soudu navíc vytváří problémy svého druhu - případné spory o kompetence s Nejvyšším soudem a soudem Ústavním. Vytvoření samostatné soustavy správních soudů je z mého pohledu řešením nejčistším, avšak naráží na značnou personální, materiální a finanční náročnost realizace (podle odhadů by byl tento model až dvakrát tak dražší při uvádění v život než varianty první a druhá). Pro všechny tři varianty platí nedostatek kvalifikovaných soudců a  jejich asistentů.

K výše uvedeným koncepcím je na místě zmínit možnost zapracovat do celého systému tzv. nezávislé správní tribunály. Ty by byly vytvářeny v rámci moci výkonné a byl by jim svěřen přezkum rozhodnutí v zákonem stanovených případech. Byly by zřizovány jako nezávislé orgány soudního typu. Jejich nespornou výhodou by bylo, že by mohly působit v  jednotlivých oborech správní činnosti. Řízení před správními tribunály by obecně podléhalo úpravě správního řádu, který by umožňoval, aby v zákonem daných případech rozhodoval správní tribunál namísto správního úřadu. Proti rozhodnutí správních tribunálů by bylo možné podat mimořádný opravný prostředek formou kasační stížnosti. Částečné přenesení působnosti soudů na správní tribunály by mohlo předcházet zahlcení soudů správní problematikou a umožňovalo by pružněji reagovat na změny judikatury Evropského soudu pro lidská práva. Na druhé straně však stojí fakt, že by správní tribunály byly v  našem právním řádě institutem novým a dá se tedy předpokládat, že by je v začátcích provázely problémy související s jejich vytvářením a adaptací.

Diskuse o správním soudnictví, často "personifikovaná" diskusí o zřízení Nejvyššího správního soudu se ve větší či menší míře vede od počátku devadesátých let. Zejména v  prvních letech, dokud byla otázka Nejvyššího správního soudu aktuální (v souvislosti s  novou Ústavou) se snášely mnohé argumenty pro i proti jeho vzniku (zajímavý střet zájmů se odehrál např. v časopise Právní praxe: - č. 7/93, článek Michala Mazance - Nejvyšší správní soud a správní soudnictví; - č. 1/94, článek Pavla Varvařovského - Ke koncepci správního soudnictví; - č. 3/94, článek Jiřího Spáčila - Ještě k Nejvyššímu správnímu soudu a ke správnímu soudnictví; - č. 4/94, článek Vladimíra Mikuleho - Ještě ke  správnímu soudnictví a jeho organizaci). Našli bychom mezi nimi např. argumenty opírající se o historickou tradici Nejvyššího správního soudu (za I. republiky a krátce i po 2. světové válce), na druhé straně se nenajde práce, která by v této souvislosti nezmínila značné problémy, se kterými se Nejvyšší správní soud potýkal především ve třicátých letech. Spory se také vedly o to, zda zakotvení Nejvyššího správního úřadu v Ústavě bylo koncepční, ústavní záměry jasné a existence soudu systémová. Ať je tomu jakkoli, i po téměř osmi letech jsme se nedopracovali koncepčnímu řešení správního soudnictví jako celku (byť již v letech 93,94 existovala shoda v tom, že řešení správního soudnictví prostřednictvím hlavy páté o.s.ř. je dočasné a z dlouhodobého pohledu nedostačující).

Ministerstvo spravedlnosti zpracovalo dokument, který pojednává o východiscích a možných variantách nového uspořádání správního soudnictví. Dokument je vám k dispozici na stránkách   Ministerstva spravedlnosti.